Die Geschäftsstelle der CAPNETZ STIFTUNG ist die Organisationseinheit der Stiftung sowie des forschenden Netzwerks und damit für alle wissenschaftlichen Projekte, Verbundvorhaben und klinischen Studienprojekte verantwortlich. Sie fungiert als Schnittstelle aller im Rahmen der Stiftungsprojekte zusammenarbeitenden Institutionen, Forscher, Prüfärzte, Studienkoordinatorinnen  und Studienkoordinatoren.